После событий второго фильма Синдзи Икари пробуждается спустя 14 лет. Он не понимает, что происходит, но постепенно ему открывается пугающая истина. В результате Синдзи придётся снова сражаться с Ангелами вместе с неожиданными союзниками, преодолевая сопротивление бывших друзей. И снова судьба бросит его на передовую войны и заставит принимать решение за всё человечество. Что же он выберет в этот раз?...

Ангелы продолжают свои непрерывные атаки, а в Nerv появляются два новых пилота: пилот павшего в первом же бою Евангелиона-05 Мари Илластриэс Макинами и пилот Евы-02, а позже Евы-03 Аска Лэнгли Сикинами. В то же время Гэндо Икари и Seele приступают к проекту совершенствования человечества, в котором задействованы Рей с Синдзи и загадочный мальчик Каору Нагиса....

После Второго удара всё, что остаётся от Японии — это город Токио-3, подвергаемый постоянным атакам гигантских существ, стремящихся уничтожить человечество, называемых Ангелами. Синдзи Икари, до этого не видевшийся с отцом три года, получает от него телефонный звонок с требованием немедленно прибыть в штаб-квартиру Nerv, организации, противостоящей Ангелам. Для борьбы с Ангелами.Nerv используют гигантских роботов, называемых Евангелионами. Задачей Синдзи становится пилотирование Евы-01 и работа...

Альтернативное окончание оригинального сериала. «NERV» подвергается нападению «SEELE», и Рей становится единой с Лилит. Вместе с Копьём Лонгиния и комплементированной Евой, Синдзи должен будет решать, прекратить ли человечеству своё существование. Он должен принять решение сейчас, если он хочет остаться в живых или погибнуть, и его решение повлияет на всё человечество....

Компиляция серий одноимённого сериала с небольшим добавлением новых сцен. В начале 21 века по официальной версии в Антарктиде падает метеорит. Это приводит к растоплению льдов и затоплению всех прибрежных территорий. Мир на время погружается в хаос, но потом начинает понемногу восстанавливаться. Это событие было названо «Второй удар». Школьника Икари Синдзи вызывает к себе отец, являющийся главой могущественной организации NERV. Под давлением отца и обстоятельств Икари начинает пилотировать...

Действие фильма разворачивается сразу по окончании битвы с Тоётоми Хидэёши. Япония все еще находится во власти междоусобиц, старые враги не желают уходить со сцены, а молодое поколение готово превзойти своих наставников... Решающая битва вот-вот наступит и наконец определит, кто же достоин носить титул нового Сёгуна Японии....

...

...

...

...