Конан с друзьями идёт в новый Токийский аквариум. Там, под колесом обозрения, он замечает девушку с разноцветными глазами. Она не помнит ни своего имени, ни своего прошлого. Конан обещает помочь девушке и вернуть её воспоминания....

...

Шуичи Акай стал мишенью таинственного снайпера так же, как и Масуми Сэра. Токио в панике, жители боятся попасть под огонь снайпера, о котором ничего неизвестно. Почему под прицелом оказалась Сэра? Сможет ли Акай выжить в этой передряге? Джоди Старлинг и Субару Окия также втянуты в происходящее. Способностям Конана предстоит новая проверка: сможет ли он отыскать и арестовать преступника?...

Ещё один кроссовер о приключениях знаменитого авантюриста Люпена III и лучшего детектива-школьника Конана Эдогавы. Вернувшегося в Японию Люпена с помощью шантажа вынуждают выкрасть редкую драгоценность — Вишнёвый сапфир. За дело о краже немедленно берутся лучшие детективы, среди которых и Конан. В ходе расследования, как обычно, выясняется, что всё не так просто, как кажется на первый взгляд....

Действие фильма происходит на современном корабле военно-морских сил обороны Японии “Эгида”. На борту судна было найдено тело военнослужащего без левой руки. Поступила информация о том, что опасный шпион “X” проник на корабль, тем самым угрожая безопасности всей страны. Но диверсант еще не догадывается, что вероятность успеха его операции крайне мала, ведь за дело берется прославленный детектив Конан. Юный сыщик в силах распутать самый сложный заговор, спасти жизни дорогих ему людей и поймать...

В результате сотрудничества с J-лигой профессиональных игроков Японии по футболу, Конан и его команда оказываются на огромном стадионе, где проходит матч между командами Токио и Осаки. Задача детективов - узнать, кто заложил бомбу замедленного действия на стадионе и предотвратить взрыв. И всё это нужно сделать до окончания матча!...

История начинается с угроз против губернатора Токио. Вскоре, лишь с помощью умения Конана быстро мыслить и предсказывать любые смертельные исходы, удаётся предотвратить взрыв в туннеле метро. Конан получает информацию, что возможна связь преступника с деревней, которая была перенесена из-за строительства дамбы. И великому детективу приходится мчаться со всех ног, чтобы остановить преступника перед тем, как он осуществит следующую атаку....

...

В Японии происходит ряд убийств. Возле тел всех погибших находят кость маджонга масти пин разного достоинства. Японская полиция подозревает, что это дело рук серийного убийцы и созывает инспекторов со всех префектур Японии для расследования. Кроме того, по специальному приглашению, к расследованию присоединяется и Когоро Мори. Конан узнаёт детали совещания полиции, а также то, что в этом деле, каким-то образом, замешана и «Чёрная организация». Позднее выясняется, что среди детективов есть шпион...

...