Продолжение сериала «Югио! Зексал». Объявился новый враг — Бариан. Они хотят собрать «числа» и уничтожить астральный мир, чтобы предотвратить разрушение своего. Таким образом Юма Цукумо и его друзья становятся главной целью, и Бариан начинают медленное наступление на город....

История разворачивается в далёком будущем, где высокие технологии являются частью повседневной жизни и где их используют даже для карточных дуэлей. Главный герой Юма Цукумо мечтает стать чемпионом «Дуэльных монстров», однако сам является всего лишь новичком, не обладающим никакой тактикой или стратегией. Однажды он бросил вызов местному чемпиону Рёге Камисиро, но во время их дуэли рядом с Юмой появился загадочный призрак без воспоминаний — Астрал. Он объяснил, что его воспоминания были...

По всей Европе происходят случаи уничтожения целых городов с помощью ранее невиданных драконов, среди которых есть «Дракон Киберконца» и «Радужный Дракон». Эти случаи приводят к изменению целой истории человечества. Во время очередной скоростной дуэли Юсэй Фудо сталкивается с загадочным человеком, который крадёт его карту «Дракон Звёздной Пыли». Погнавшись за ним, избранный попадает в прошлое, где сталкивается с Дзюдаем Юки. Когда эти двое решили объединиться, чтобы спасти мир, они последовали...

Новая история во вселенной аниме и манги «Югио!». Дуэльная академия является одной из самых престижных академий для дуэлянтов во всём мире. История разворачивается вокруг Дзюдая Юки, решившего стать учеником академии. Пройдя вступительный экзамен, он попадает в «Красный Осирис», одно из трёх общежитий, где знакомится с Сё Маруфудзи и встречает своего будущего главного соперника из «Синего Обелиска» Дзюна Мандзёмэ. Сможет ли Дзюдай достичь невероятных успехов в дуэлях и стать новым королём...

Археологам довелось обнаружить ранее неизведанную гробницу одного из египетских богов, Анубиса, который после этого воскрес из многовекового сна, чтобы одолеть Фараона. Тем временем закончился Баттл-Сити — турнир, устроенный Сэто Кайбой, чтобы заполучить карты трёх всесильных богов, и теперь Юги, одержавший победу в турнире, стал известен во всём мире. Также Сэто узнаёт, что у Пегаса есть карта, способная одолеть трёх богов и немедленно отправляется в Королевство дуэлянтов, чтобы забрать карту....

«Дуэльные монстры» — карточная игра, аналог «Игры теней» в Древнем Египте, 3000 лет назад. Школьник Юги Муто сумел собрать «Головоломку тысячелетия» — древнеегипетский артефакт, который когда-то нашёл в экспедиции его дедушка Сугороку Муто. Собрав его, Юги обретает второе «я» — душу египетского фараона, заточённую три тысячи лет назад. Теперь мальчик делит своё тело с душой фараона, который ничего не помнит о своём прошлом. Участвуя в карточных турнирах и побеждая на своём пути других...

Обычный паренёк по имени Сёго Аояма имеет в своём распоряжении довольно необычную карту — «Красноглазый чёрный дракон». Однако Сёго лишь хвастается карточкой, ведь в дуэлях он не участвует. К нему на помощь приходят Юги и Кацуя. Их цель — научить этого парня играть в «Дуэльных монстров»!...

Юги Муто — отчасти хрупкий молодой мальчик, который, оказывается, большой поклонник игр любого рода. Но когда он решает древнюю египетскую головоломку, Юги получает все силы тьмы. Теперь, столкнувшись с опасностью и несправедливостью, он превращает эту силу в гораздо более тёмную и опасную форму и приступает к сражению за справедливость и наказание....

Вот и пошёл второй год старшей школы, а Тихая и её друзья до сих пор продолжают играть в каруту и стремятся стать лучшими в ней. Но не всё так легко. Чтобы сохранить клуб, нужно набрать ещё пять человек! Задача не из лёгких, ведь почти все считают эту игру скучной и не уделяют ей особого внимания. Но Тихая не отчаивается, ведь ничто не сможет ей помешать заполучить титул «королева каруты»!...

Тихая Аясэ весела, энергична и полна решимости, хотя особых способностей к чему-либо никогда не проявляла, ведь мечтала лишь о том, чтобы её старшая сестрёнка стала самой популярной моделью в Японии. Но однажды в школе появился тот, кто объяснил ей, что мечта — это то, что касается только тебя самого, и ради её исполнения обязательно придётся немало потрудиться. Благодаря ему же у Тихаи появилась страсть к каруте — японской карточной игре, — а также стремление стать самым сильным...