...

Эта история происходит в недалёком будущем, где человечество было подвержено атаке разносящими вирус паразитами, именуемыми гастреями. В результате этого, будучи изгнанными из своих родных домов, род людей существует лишь на небольшой территории, где, уже потерявшие всякую надежду, они живут бок о бок со смертью. В этом тёмном мире живёт Рэнтаро, парень, чей дом находится рядом с Токио, состоящий в «Гражданской безопасности» — организации, занимающейся борьбой с теми самыми паразитами...

...

...

...

Потеряв всякую надежду, королева давно обреченной на смерть гигантской замороженной планеты Ла-Метал приказала всем поданным заменить свои тела на механические, чтобы дать им последний шанс на выживание. Но цена новых бессмертных тел оказалась высока — все жители планеты утратили человеческий разум. Превратившись в бездушного робота, Ла Андромеда Прометия II, королева Ла-Метал, решила механизировать все человечество. Дочери королевы, Мэйтэл и Эмеральда, увидев последствия использования...

Прошла тысяча лет с тех пор, как Солнечную систему уничтожила неизвестная раса Гауна. Это гигантские, практически неуязвимые твари, не имеющие разума. Выжившее население Земли сбежало из Солнечной системы на космических кораблях «Сидония», которые позволили сохранить человеческий род. Путешествуя в пространстве и спасаясь от преследования инопланетных существ, люди научились строить пилотируемые механизмы для своей защиты. Вся жизнь Нагатэ Таникадзэ прошла в изоляции на космическом корабле....

При трагических обстоятельствах узнав об истинной природе «Сивиллы», инспектор Аканэ Цунэмори принимает решение подчиниться системе, искренне веря, что в конце концов человечность и правопорядок смогут сосуществовать в гармонии. После дела Сёго Макисимы и исчезновения Синъи Когами суматоха в департаменте утихла, и город вернулся к прежней размеренно управляемой жизни. Инспектор Цунэмори теперь — член нового подразделения полиции, а преследование и задержание преступников для неё отныне...

Сюдзи и Тисэ — выпускники старшей школы в Хоккайдо. Оба очень застенчивы, а потому вместо того, чтобы начать встречаться как обычные люди, они начинают обмениваться дневниками, через которые и так неумело общаются. Однажды происходит внезапный вражеский налёт на Саппоро, и, отчаянно пытаясь скрыться, Сюдзи видит посреди всего этого хаоса Тисэ с огромными орудиями, которые будто являются продолжением её самой — она сбивает истребители противника один за другим. Оказывается, Тисэ — больше, чем...

Прошло много лет после событий первого фильма. «9-й Отдел» по-прежнему выполняет свою работу. Киборгизированный полицейский Бато с партнером Тогусой после таинственного исчезновения "Майора" Мотоко Кусанаги назначаются расследовать серию убийств, совершенных прототипами гиноидов, самоуничтожающимися после этого. Но перед самоуничтожением один из таких гиноидов попросил Бато о помощи......