События происходят в отдаленном будущем. Главный герой — Тэцуро — обычный земной паренек, но у него есть необычная мечта: он хочет заменить своё тело на тело робота. В будущем это вполне возможно, но для этого ему необходимо добраться до Бессмертной Планеты на борту космического корабля «Галактический экспресс 999». Волею судьбы к нему присоединятся таинственная красавица-блондинка Мэйтел, одетая в русском стиле и готовая быть ему спутницей в долгом путешествии на необъятных просторах космоса....

Тэцуро Хосино — юный беспризорник, живущий на улице. А всё из-за того, что его мать ради развлечения убил граф Меха. У Тэцуро есть мечта: несмотря ни на что раздобыть себе механическое тело и отомстить за смерть матери. Для этого ему нужно получить дорогостоящий билет на «Галактический экспресс 999» — космический поезд, который отвезёт его на планету, где можно бесплатно получить механическое тело. Во время попытки украсть билет полиция почти ловит мальчика, но его спасает Мэйтел и предлагает...

В далёком будущем люди живут на колонизированных планетах, и каждый аспект их жизни контролируется системой компьютеров. В результате эволюции начали рождаться люди с экстраординарными способностями. Эту новую расу стали называть мью. Ненавидимые и презираемые людьми, мью мечтают о месте, где они смогут жить в мире — о Терре, далёкой мистической планете, с которой давным-давно пришлось улететь человечеству из-за чрезмерно возросшего уровня разрушения и загрязнения окружающей среды. Джоми Маркиз...