Однажды, когда все враги Земли были повержены, капитан Харлок оставил свою команду, отправившись бороздить просторы космоса в одиночестве. Но мир и спокойствие не продлились долго. Харлок встречает нового по-настоящему ужасного врага, с которым не сможет справиться в одиночку. На одной из археологических миссий профессор Дайба невольно пробуждает злую расу, называемую «ну», которая силой страха правила Вселенной ещё до рождения человечества. Спустя пять лет после миссии древнее зло набрало...

Лос-Анджелес. 2032 год. Прошло несколько лет с того момента, как США накрыла тьма. Казалось, мир вернулся к обычной жизни, однако это только на первый взгляд. Молодая девушка Эль очнулась в незнакомом месте, не помня кто она и как сюда попала. В её руках таинственное устройство, в котором может быть заключён ключ к её прошлому и воспоминаниям. Только выяснив, кто она на самом деле, Эль сможет открыть себе дорогу в будущее....