Третий и последний фильм из трилогии. В отличие от двух других фильмов, не является пересказом событий сериала. После того, как Мадока перестроила Вселенную, Хомура живёт в мире, где ведьмы больше не рождаются. Но отчаяние людей всё ещё проявляется в существах, известных как призраки, с которыми и сражаются девочки-волшебницы. Хомура продолжает бороться со своим одиночеством после расставания с Мадокой. В фильме также появляется новая волшебница по имени Нагиса Момоэ....

Отдалённый форпост Федерации «Форт Кейси» подвергается атаке жуков. Команде на корабле быстрого реагирования «Алесия» приказано помочь звёздному крейсеру «Джон А. Уорден», пришвартованному в «Форте Кейси», эвакуироваться вместе с выжившими и в целости доставить военную разведку назад на Землю. Карл Дженкинс, ныне глава министерства паранормальных приёмов ведения войны, берёт звёздный крейсер на тайную операцию до встречи с кораблём «Алесия» и пропадает в туманности. Теперь закалённые в боях...

Наши любимые сестрички Девилюк набирают обороты! Пока Нана разбирается со своими комплексами относительно тела, Момо уже вовсю приступает к созданию настоящего, всемирного гарема для ею любимого Рито. Тем временем объявляется новый персонаж — Мэа, милая и отзывчивая девочка, но не без изъяна... Стоит упомянуть и Ями: до неё начинают домогаться все — и старые враги со времён работы наёмницей, и организация, обучившая её, и Момо для гармоничного завершения гарема. Главная героиня этого сезона...

У пятиклассника Ториясу и его младшей сестрёнки Мико пропал пёс по кличке Пападолл. Ну как пропал? Украли, поскольку сам порвать цепь он бы не смог. И кому, скажите на милость, мог понадобиться несуразный и откровенно трусоватый пёс? Сестрёнка с детской непосредственностью строит теории о похищении инопланетянами с Венеры или Марса, ведь людей и коров похищают, почему не могли умыкнуть собаку? И кто ж мог предположить о близости детских домыслов к правде? Поскольку спустя неделю после пропажи...

Наюта была обычной японской школьницей до встречи с мальчиком, у которого была диадема на голове, и ослабленной женщиной. Они выглядели истощёнными, и девушка приютила их у себя дома. Заподозрив, что диадема даёт владельцу необычные сверхспособности, Наюта решила ненадолго «одолжить» диадему, чтобы успешно сдать экзамен в школе. Однако она и не подозревала, какие последствия повлечёт за собой владение этой вещью......

В Токио, в торговом квартале Урахара, что в районе Харадзюку — месте, известном огромным количеством молодёжных магазинчиков и тусовок, — работали и творили маленькие шедевры в магазине по продаже всяких модных и необходимых каждой гяру штучек три подружки-старшеклассницы Мари, Котоко и Рито. И всё бы ничего, но злобные пришельцы, что вот уже несколько лет терроризируют Землю, похищая из разных городов различные культурные ценности, включая целые здания, решили, наконец, взяться и за Токио. Что...

...

Однажды уродливые роботы — пришельцы из далёкого космоса — захватили Землю. После этого они стали вести себя скорее надоедливо, чем угрожающе, проводя своё время за изучением человеческой цивилизации. Члены школьного клуба не желают уступать захватчикам и используют свои магические способности, чтобы освободить Землю....

Загадочные беловолосые дети появляются в Европе раз в сто лет. На вид им по 11 лет, но они ведут себя как взрослые, не стареют и, по слухам, обладают сверхъестественными способностями. Эти дети ищут девочку, и единственный ключ к её поиску — это загадочный медальон с полумесяцем. 2012 год. Таинственные дети вновь появляются на Земле, но на этот раз в их поиски случайно окажется втянут посторонний — обычный подросток по имени Тома....

Рэнтон Тёрстон — четырнадцатилетний парень, живущий со своим дедушкой-механиком в глухом городке. Изо дня в день он мечтает стать наёмником группы «Gekkostate», пилотирующей боевые «LFO» («Light Finding Operation»), и сёрфить по потокам частиц, называемых «траппаром» (вид спорта — «рифтинг»), — рука об руку с легендарным Холландом, лидером «Gekkostate». Эта мечта особенно обостряется в те моменты, когда он сталкивается со следами выдающегося прошлого своего отца или с желанием своего деда...