Деревня Шу была атакована неизвестным врагом, поэтому он и его друзья, Джиро и Клюк, решили дать ему отпор. Вскоре они встретили воина Золу и получили «силу тени», которая позволяет преобразовывать тень в сильного монстра. Шу удалось получить из своей тени одного из самых сильных монстров — Синего дракона. Вот теперь-то у них достаточно сил для победы над своим противником!...

Мальчик по имени Юкинари спасает от охотника на покемонов хранителя леса Селеби, и он, используя свои силы, перемещает их обоих на 40 лет в будущее. Сбитого с толку Юкинари находят Сатоши, Касуми и Такэши, которые, разобравшись в ситуации, помогают ему добраться до целительного озера, чтобы вылечить пострадавшего покемона. Вскоре на них нападает член команды «R» по кличке «Мародёр в железной маске», который намерен поймать Селеби и с его помощью захватить мир. Сатоши и его друзьям предстоит...

Команда Сатоши продолжает своё путешествие по региону Хоэнн, и в пути они встречает семью Хироми. Они артисты, которые устраивают представления с водными покемонами. Также герои знакомятся с покемон-рейнджером Джеком и узнают о его миссии. За ними по пятам гонится пират Фантом. Что же ему нужно? Сатоши и его друзьям придётся слегка намокнуть ради того, чтобы узнать истину, скрытую в глубинах царства водных покемонов!...

Масару Даймон — учащийся средней школы, прозвавший себя лучшим уличным бойцом Японии — во время одной из драк знакомится с Агумоном, сбежавшим из ОБЦН. ОБЦН — секретная правительственная организация, занимающаяся отловом сбежавших из Цифрового мира дигимонов. Узнав о том, что его нового друга так просто не отпустят с ним, Масару решает во что бы то ни было оставить у себя Агумона. Но перед ним поставили условие: пока он не вступит в ОБЦН, покоя ему не дадут. В это же время на одно из заведений...

Аниме расскажет о Шин Соне, обычном молодом человеке, живущем в наше время. Однажды во сне он ломает печать и тем самым стирает прошлое о периоде Троецарствия. По неизвестным ему причинам он начинает путешествие назад во времени и оказывается втянут во временную линию Троецарствия....

Дополнительные эпизоды к сериалу «Покемон XY» рассказывают об Алане — молодом тренере покемонов. В компании своего покемона Ризадона он преследует цель победить всех покемонов, имеющих мега-эволюцию. Зрителю предстоит узнать, какие препятствия встретятся ему на пути к мечте и какова настоящая цель приключений....

Будучи маленькими, Таити и Хикари, брат и сестра, стали свидетелями того, как из их компьютера вылезло некое яйцо. Находясь с ним всё больше и больше, они привязались к нему и поняли, что цифровой мир не так прост, как казался с самого начала......

...

Прошло три года с тех пор, как «избранные» спасли цифровой мир от зла. Дети повзрослели, а то, что когда-то происходило, забылось. Теперь новому поколению «избранных» предстоит снова стать героями, ведь в мире дигимонов объявился новый враг — Император Дигимонов, который не только унижает дигимонов, но и использует их в своих тёмных умыслах. Для выполнения этой цели были выбраны три новых ребёнка — Дайсукэ Мотомия, Иори Хида и Мияко Иноуэ. Получив свои дигивайсы и собственных дигимонов, ребята...

Короткометражный фильм «Хранители Дигимонов 3D» был показан на аниме-фестивале компании «Toei Animation» в 2009 году и не несёт смысловой нагрузки. Главной целью этого фильма было показать персонажей сериала «Хранители Дигимонов» в 3D, используя также персонажей из других ответвлений. В 2010 году был выпущен на DVD, совместно с ещё несколькими короткометражными фильмами....