Третий и последний фильм из трилогии. В отличие от двух других фильмов, не является пересказом событий сериала. После того, как Мадока перестроила Вселенную, Хомура живёт в мире, где ведьмы больше не рождаются. Но отчаяние людей всё ещё проявляется в существах, известных как призраки, с которыми и сражаются девочки-волшебницы. Хомура продолжает бороться со своим одиночеством после расставания с Мадокой. В фильме также появляется новая волшебница по имени Нагиса Момоэ....

Юта — двенадцатилетний мальчик, который за год до начала этой истории потерял отца в аварии. На летних каникулах он отправляется на старую плотину в горах, где раньше отдыхал с отцом. Неожиданно начинается гроза, и он падет на крутую обочину горной дороги. Юта теряет сознание, а когда приходит в себя — видит девочку из близлежащей деревни. Оказывается, он перелетел на 30 лет назад в деревушку, которую затопили при постройке плотины....

...

Тринадцатилетний парень Ясака живёт в доме своего дедушки во время летних каникул. Однажды он отправляется в магазин и встречает Араси — красивую шестнадцатилетнюю девушку, которая там работает. Много всего произошло — и вот он уже защищает её от человека, который заявляет, что нанят её семьёй с целью силой вернуть девушку обратно. Они убегают вместе, и Араси остаётся в доме Юсака. Прошло не так много времени, прежде чем Ясака осознал, что его новая подруга далеко не обычная девушка, так как...

Юта Иридацу — старшеклассник с одной интересной особенностью: когда молодой человек лицезрит трусы девушки, его накрывает такой волной возбуждения, что он теряет сознание. После одного инцидента с участием призрака кошки душа Юты отделяется от тела. Пользуясь своим положением, Юта наблюдает за повседневной жизнью жителей своего дома и время от времени подшучивает над бедолагами. Устав от призрачных развлечений, Юта решает раскрыть тайну предстоящего разрушения Земли и спасти её!...

Как же нелегко быть четвероклассницей! Особенно, если ты Нацуми Мизуки, и твои родители уехали жить за границу, оставив тебя на попечение вредной тётке-эгоистке. Хотя, стоп... Никто никого насильно не оставлял, это было вынужденное желание самой Нацуми. А куда деваться, когда поздним вечером во время грозы у девочки в гостиной внезапно появилась милейшая малышка? Да не простая, а из будущего. И не просто из будущего, а собственная дочка! Итак, новоиспечённой мамаше пора срочно запасаться...

В наши дни преступным миром управляет семья итальянских мафиози Вонгола. Последний глава Вонгола, девятый по счёту, готовится уйти на покой. Но перед отставкой ему потребуется помощь профессионального киллера Реборна для того, чтобы подготовить себе преемника и передать ему бразды правления как Вонголы, так и всего преступного мира. Цунаёши Савада обыкновенный школьник-неудачник, ученик средней школы. Успехом у девушек не пользуется, друзей не имеет и безнадёжно влюблён в одноклассницу. Его...

Четыре девушки, одетые в форму учениц старших классов, безмолвно идут по пустой земле. Они — путешественницы во времени, отправленные на 6000 лет в будущее из своей эпохи (где один и тот же день повторяется бесчисленное количество раз), чтобы спасти человечество от вымирания. Для этого девушки прошли жесточайший отбор после окончания школы. Единственное, что им позволили взять с собой — похожий на дешёвую игрушку мобильный телефон, и, конечно, он не смог поймать сигнал. Предоставленные сами...

В первый день после летних каникул на ученика старшей школы Аоба Ватасэ нападает робот, который появился из будущего. От преследования парня спасает его одноклассница Хина Юмихара в собственном роботе. После спасения она отправляет Аобу в будущее и загадочно говорит ему: "Дио ждёт тебя". Из-за этого Аоба оказывается в будущем и начинает новую жизнь в качестве пилота Люксиона в битве с Загиллианской империей....

Дедушка Хигураси решает выставить на всеобщее обозрение семейную реликвию — таинственный древний меч Со-Унга. Но внезапно, начав испускать демоническую ауру, тот улетает в неизвестном направлении, представ прямо перед удивленными Инуяся с Кагомэ. От ножен, в которых находился меч, они узнают, что принадлежал он отцу Инуяся, а после его смерти был запечатан в этих самых ножнах. Если Со-Унга, одержимый древним злым духом, окажется не в тех руках, он может принести гибель всему человечеству....