Этот фильм разбит на две части и представляет из себя альтернативную историю первого сезона сериала с дополнительной аркой, в которой герои получают задание изучить цветы. Сюжет полнометражного фильма имеет несколько отличий от оригинальной TV-серии: Сириус гибнет в самом начале истории, детство Аполло проходит иначе, и большее внимание уделяется событиям 12000-летней давности, в частности, смерти Аполлониуса и сложной судьбе прошлой инкарнации Рейки...

...

В далёком будущем человечество вновь столкнулось с угрозой в лице Теневых Ангелов, таинственных существ, которые вернулись после 12000 лет отсутствия. Они нападают на города и похищают жителей, чтобы использовать их прану — жизненную энергию. Противостоять Ангелам могут только люди со специальными способностями, которые учатся пилотировать Векторы, три древних корабля, вместе составляющие человекоподобное оружие — Акварион. История разворачивается вокруг Аполло, подростка, которого считают...

Правительство ужесточило меры по несанкционированным мероприятиям, но концерты и битвы продолжаются! Помимо этого объявили, что скоро будут проведены всеобщие выборы среди участниц АКБ0048! Но на этом новости не заканчиваются, ведь вместе с Нагисой и девочками нам предстоит раскрыть множество тайн, окутывающих команду 00, узнать ещё больше о кирарах (музыкальных частичках света участниц), а также приподнять завесу над прошлым....

В начале 21 века Мировая война достигает своего апогея и выходит на новый уровень за счет новых технологий межпланетных космических путешествий. Окружающая среда настолько пострадала, что человечеству приходится покинуть Землю и осесть на других планетах. Так начинается нулевой отсчет Звездного календаря. Развлечения и песни стали жестко контролировать и в итоге на некоторых планетах запретили массовые мероприятия из-за их силы мотивации народом. Но группа поп-идолов ставит представления в этих...

События разворачиваются на континенте под названием Вавилон, на котором однажды была открыта алхимия. Но эта наука, к сожалению, привела к войне между семью нациями, существовавшими на континенте, где каждая пыталась использовать Вавилонскую башню в качестве инструмента для достижения победы. Осознавая тот факт, что человечеству грозит полное уничтожение, семь наций были вынуждены заключить мир, согласно которому было запрещено использовать алхимию. В 911 году нация Люстриса разорвала договор и...

Джуна была обычной старшеклассницей, вплоть до того дня, когда она умерла, попав в аварию на мотоцикле. Но там, в сумерках смерти, она увидела будущее бесплодной земли, уничтоженной Рааджа. Ей был предложен второй шанс в жизни, но с одним условием: она должна будет остановить их. Теперь она должна научиться отбрасывать ее разрушительные способности и взглянуть в лицо судьбе, как аватар времени — одно существо, которое может решить судьбу планеты....