Кёскэ Хёбу — эспер, которого предали много лет назад и вынудили бежать. Сейчас он один из самых сильных эсперов, но за его жутким взглядом скрывается доброе сердце. Его главной целью является спасти эсперов, пострадавших от людей, пусть даже силой. Благодаря своим методам он спас большое количество эсперов и заручился их поддержкой. Название его отряда — «P.A.N.D.R.A». Однажды Хёбу наведывается в тюрьму, где содержат эсперов, и обнаруживает, что среди простых эсперов затаился один необычный —...

Действия происходят через 12 тысяч лет после событий первой оригинального «Аквариона». Новые пилоты, новый Акварион, да и сама история полноценна и может рассматриваться самостоятельно. Мир Акварии не такой, как наш. Враг вновь то и дело появляется из другого измерения, нанося урон и похищая людей. Амата Сора — обычный паренек с необычными качествами, которые с самого детства приносят ему одни проблемы, и мысленно он уже давно нарек себя бесполезным неудачником. С малых лет легенда об Акварионе...