После событий второго фильма Синдзи Икари пробуждается спустя 14 лет. Он не понимает, что происходит, но постепенно ему открывается пугающая истина. В результате Синдзи придётся снова сражаться с Ангелами вместе с неожиданными союзниками, преодолевая сопротивление бывших друзей. И снова судьба бросит его на передовую войны и заставит принимать решение за всё человечество. Что же он выберет в этот раз?...

Прошло немало времени с тех пор как Наота и Харуко вместе сражались против инопланетных существ. Тогда ребята не предавали особого значения всему происходящему и воспринимали это всё как своего рода развлечение. Но с тех пор прошло немало времени и они уже давно ничем подобным не занимались. По крайней мере об их деятельности ничего не было слышно. Теперь же в центре внимания окажется самая обычная на первый взгляд ученица — Хидоми, которая долгое время жила тихой и спокойной жизнью. Но всё...

Абсолютное многоцелевое гуманоидное оружие человечества и искусственный человек Евангелион стояли на страже государственной безопасности. Начинается подготовка к операции, в рамках которой происходит проверка координат судна. На борту стояла девушка, мечтавшая увидеть Город Цветов. А другие члены экипажа старательно трудились над вводимыми кодами в компьютеры, чтобы активировать «Систему Анти-Эл». Один из членов считал, что повторение с 4-го этапа точно сработает и все это благодаря стараний...

Не в столь отдалённом будущем обнаружена раса громадных насекомоподобных пришельцев, путешествующих по галактике. Пришельцы эти, кажется, захвачены идеей уничтожить человечество — с тех самых пор, как люди ступили за пределы Солнечной системы, — и всё ближе и ближе продвигаются к Земле. Человечество не дремлет и в скором порядке разрабатывает боевые космические корабли, а также гигантских боевых роботов. Роботы эти пилотируются лучшими, храбрейшими молодыми людьми с Земли, набор которых...

В будущем из-за перенаселения Земли была запущена программа по освоению космического пространства и колонизации пригодных для жизни планет. Одним из таких миров-колоний стала Терра-2, на которой некогда потерпел крушение корабль поселенцев, а выжившими оказались исключительно мужчины. Чтобы выжить самим, а также дать шанс колонизации планеты, те достойные мужи решаются идти путём клонирования и генной инженерии, а также создают андроидов-женщин, названных впоследствии марионетками, используемых...