В разгаре войны между натуралами (OMNI) и координаторами (ZAFT) некий боец-координатор отправлен раздобыть недавно произведённый Земным альянсом в колонии натуралов Гелиополисе мобильный доспех. Координатор гражданской сферы Кира Ямато посещает технический колледж Гелиополиса. Как только «ZAFT» силой забирает четыре из пяти мобильных доспехов, Кира натыкается на оставшийся — «Страйк» (Strike), после чего он вынужден пилотировать его, чтобы спасти свою жизнь и жизни друзей. Во время случившегося...

После поступления в старшую школу нормальная жизнь Юджи Сакая подходит к концу. По пути из школы домой он становится свидетелем необычной картины: все прохожие застыли на месте, оказавшись внутри странного огня, и монстр, похожий на гигантскую куклу, пожирает их. Буквально за секунду до того, как чудовище сожрало бы и Юджи, появляется девушка с огромным мечом и разрубает монстра на части. И хотя Юджи думает, что выжил, девушка сообщает ему безрадостную новость: «Ты больше не существуешь»....