Сатоши, Касуми и Такэши попадают в столицу воды — Альтомар. Здесь они совершенно случайно встречают Латиас и Латиоса — покемонов-хранителей сокровища «Капля сердца», о существовании которых в городе ходят легенды. Всемирно известные воровки Заннер и Лион стремятся завладеть таинственным артефактом, и их действия грозят стереть Альтомар с лица земли....

Глобальный перезапуск франшизы, отделяющий фильмы от оригинального сериала. Мальчик по имени Сатоши отправляется в путешествие со своим другом Пикачу, чтобы стать мастером покемонов. На пути к этому титулу он будет встречать новых покемонов, заводить друзей, сражаться с другими тренерами и гим-лидерам. Приключение начинается....

События в городе Аламос принесли за собой ряд глобальных изменений в атмосфере. Завеса измерений стала хрупка, что позволило легендарному покемону Гиратине покинуть пределы своего измерения и вступить в бой с Диалгой. По какой-то причине под раздачу попал и маленький покемон Шеймин. Убегая от гнева Гиратины, она прибивается к месту пикника Сатоши, Хикари и Такэши. Юные путешественники решают отнести ослабевшую Шеймин в центр покемонов, и тут начинается их новое приключение!...

...

Путешествуя по региону Синно, Сатоши и его друзья посещают прекрасный город Аламос, который славится уникальной достопримечательностью — двумя Башнями пространства и времени, построенными архитектором Годи. Башни необычны тем, что скрывают в себе механизм для исполнения оркестровой музыки. Однако друзьям не удаётся насладиться красотами старинных строений, потому что на город нападает зловещий покемон Даркрай!...

...

...

Для главных героев прошло несколько лет. Таинственный телефонный звонок нарушает покой и предупреждает Кёсукэ Касугу об опасности встречных автомобилей, однако юноша не придаёт этому никакого значения. По иронии судьбы он всё-таки попадает под машину. После столкновения с автомобилем юноша из-за своих телепатических способностей отправляется на три года в будущее, в котором он, будучи 22-летним фотографом, отправился в Боснию и пропал там без вести, после чего в Японии был признан погибшим....

Жадный коллекционер покемонов Гелардан стремится поймать Лугию, чтобы пополнить свою коллекцию. В качестве приманки для своей основной цели Гелардан тревожит и ловит Запдоса, Артикуно и Молтреса — легендарных покемонов-птиц, управляющих элементами молнии, льда и огня соответственно. Из-за этого природный баланс на Земле рушится, и жизнь на планете зависит от того, смогут ли таинственный «избранный» и Лугия объединить свои силы в попытке исправить сложившееся положение....

Пикачу находит Клефки, покемона-кольцо с ключами. Используя ключи Клефки, можно путешествовать по разным мирам. В этот раз Клефки приглашает весёлую компанию Пикачу к себе в гости — в мир Клефки. Но злодеи не дремлют: коварный Мяут вместе со своими сообщниками пробивается через портал вслед за Клефки и его новыми друзьями. О приключениях в мире Клефки и повествует этот фильм....