С помощью генной инженерии учёные начали воссоздавать редких и вымерших покемонов по анализу ДНК. Однажды, в одной из секретных лабораторий, вывели Мьюту. Он был создан из ДНК легендарного покемона — Мью. В это же время нашим героям — Эшу, Мисти и Броку — приходит приглашение на боевой турнир покемонов. Что ждёт ребят? Кто тайный организатор турнира? Сможет ли Эш стать чемпионом?...

Сатоши вместе с друзьями прибывает в королевство Камарон, чтобы поучаствовать в турнире. Юный тренер покемонов выходит победителем, а в награду получает посох сэра Аарона, который по легенде спас королевство от нападения несколько сотен лет назад. Посох оказывается местом заточения легендарного покемона Лукарио, который вдруг вырывается из него и утверждает, что сэр Аарон никакой не герой, а предатель, бросивший его и королевство на произвол судьбы. Тем временем Пикачу, маленький друг Сатоши,...

Действие происходит в 1905 году. Вергил Штраус — молодой воришка, живущий в небольшом государстве, называющемся Яблочная Страна. Вместе с местным инспектором Флайшером он спасает девочку от группы иностранных бандитов. Девочку зовут Фрида, и по какой-то неведомой причине в ней заинтересованы многие соседние государства....

Мальчик по имени Юкинари спасает от охотника на покемонов хранителя леса Селеби, и он, используя свои силы, перемещает их обоих на 40 лет в будущее. Сбитого с толку Юкинари находят Сатоши, Касуми и Такэши, которые, разобравшись в ситуации, помогают ему добраться до целительного озера, чтобы вылечить пострадавшего покемона. Вскоре на них нападает член команды «R» по кличке «Мародёр в железной маске», который намерен поймать Селеби и с его помощью захватить мир. Сатоши и его друзьям предстоит...

Команда Сатоши продолжает своё путешествие по региону Хоэнн, и в пути они встречает семью Хироми. Они артисты, которые устраивают представления с водными покемонами. Также герои знакомятся с покемон-рейнджером Джеком и узнают о его миссии. За ними по пятам гонится пират Фантом. Что же ему нужно? Сатоши и его друзьям придётся слегка намокнуть ради того, чтобы узнать истину, скрытую в глубинах царства водных покемонов!...

Дополнительные эпизоды к сериалу «Покемон XY» рассказывают об Алане — молодом тренере покемонов. В компании своего покемона Ризадона он преследует цель победить всех покемонов, имеющих мега-эволюцию. Зрителю предстоит узнать, какие препятствия встретятся ему на пути к мечте и какова настоящая цель приключений....

...

...

...

Чимчар мечтает стать частью гильдии Виглитаффа, поэтому приходит на его базу, где собираются команды исследователей. Но, испугавшись системы безопасности на базе, убегает и натыкается на Пиплапа, который лежит без сознания. Придя в себя, Пиплап не может понять, что происходит и как он оказался в теле покемона, ведь он на самом деле человек. Чимчар предлагает обратиться за помощью к Виглитаффу из гильдии. Однако и тот не может объяснить, как такое произошло, и убеждает Чимчара и Пиплапа...