В галактике Андромеда есть планета высокоразвитой человеческой цивилизации. Нежный принц Итака и прекрасная принцесса другого королевства Лилия собираются вступить в брак по любви и занять трон, но в это время на ночном небе обнаруживается странный объект. Позже он приземляется на планете, и инопланетная механическая цивилизация вторгается в мирную страну короля Итаки, делая почти всех рабами. В роковую ночь королева Лилия рожает близнецов, и чтобы избежать несчастья, няня Тарама забирает...

Прямое продолжение фильма «Аркадия моей юности». Война против империи Иллюмидус, порабощающей и уничтожающей все на своём пути обитаемые планеты, окончательно проиграна — Земля полностью перешла в подчинение инопланетных захватчиков. Харлок и все его соратники объявлены врагами человечества и изгнаны с Земли. Однако Иллюмидус на этом не остановились. Харлок, Тотиро и Эмеральда, под кодовыми номерами: S — 00999, S — 00998, X — 00001, объявлены в розыск. Пытаясь сражаться уже не только против...