Ангелы продолжают свои непрерывные атаки, а в Nerv появляются два новых пилота: пилот павшего в первом же бою Евангелиона-05 Мари Илластриэс Макинами и пилот Евы-02, а позже Евы-03 Аска Лэнгли Сикинами. В то же время Гэндо Икари и Seele приступают к проекту совершенствования человечества, в котором задействованы Рей с Синдзи и загадочный мальчик Каору Нагиса....

После Второго удара всё, что остаётся от Японии — это город Токио-3, подвергаемый постоянным атакам гигантских существ, стремящихся уничтожить человечество, называемых Ангелами. Синдзи Икари, до этого не видевшийся с отцом три года, получает от него телефонный звонок с требованием немедленно прибыть в штаб-квартиру Nerv, организации, противостоящей Ангелам. Для борьбы с Ангелами.Nerv используют гигантских роботов, называемых Евангелионами. Задачей Синдзи становится пилотирование Евы-01 и работа...