После окончания войны с Ганделией наступают мирные дни. Однако спустя год Дэну начинают сниться кошмары о загадочной персоне по имени МагМелл. Помимо этого у Драго возникают проблемы с контролем своей силы после последней эволюции, из-за чего он призывает загадочного мектогана по имени Зентон. На беду в Бакуган Интерспейс появляются новые звёзды: Анубиас и Селлон, способные сбросить Дэна с позиции сильнейшего бойца Бакуган....

Новая Вестроя была спасена, и «Отчаянные бойцы» уже было расслабились, как вдруг появляется Рен Кролер с Гандэлии, который пытается перетянуть на сторону своей планеты «Отчаянных бойцов». Рен убеждает их в том, что ему нужна помощь, дабы защитить свою планету от нифианцев. Дэн и его друзья охотно верят ему, но в это же время появляется принцесса Фабия с планеты Нифия, которая рассказывает, что настоящие враги «Отчаянных бойцов» — это гандэлианцы, а нифианцы — те, кому действительно нужна...

Спустя два года после событий первого сезона Дэн и его друзья наслаждаются тихой и спокойной жизнью. Внезапно перед Дэном открывается портал, из которого прибывает Драго. Драго просит своего напарника помочь ему спасти Новую Вестрою от захвативших его родину вестов. Прибыв на Новую Вестрою, Дэн и последовавший за ним Маручо встречают бойцов Фронта Освобождения Бакуган: бойца Сабтерры Миру, бойца Даркуса Эйса и бойца Хаоса Бэйрона. Вместе с ними наши главные герои начинают противостояние шести...

Однажды с неба на землю посыпались карты, которые достались детям по всему миру. В этих картах находились монстры разных стихий и способностей. Вскоре шестеро главных героев придумали игру под названием «Бакуган», а потом дополнили её правилами. Вдобавок они назвали свою команду «Отчаянные бойцы бакуган». В один прекрасный день, когда все были поглощены игрой, в неё вступил неизвестный игрок Маска и при помощи специальной карты стал отправлять проигравших монстров в «Измерение смерти», из...