Конан с друзьями идёт в новый Токийский аквариум. Там, под колесом обозрения, он замечает девушку с разноцветными глазами. Она не помнит ни своего имени, ни своего прошлого. Конан обещает помочь девушке и вернуть её воспоминания....

Аниме расскажет о Шин Соне, обычном молодом человеке, живущем в наше время. Однажды во сне он ломает печать и тем самым стирает прошлое о периоде Троецарствия. По неизвестным ему причинам он начинает путешествие назад во времени и оказывается втянут во временную линию Троецарствия....

В результате сотрудничества с J-лигой профессиональных игроков Японии по футболу, Конан и его команда оказываются на огромном стадионе, где проходит матч между командами Токио и Осаки. Задача детективов - узнать, кто заложил бомбу замедленного действия на стадионе и предотвратить взрыв. И всё это нужно сделать до окончания матча!...

Аниме поведает историю второго «брата» Кэнширо — Токи, который владеет Хокуто Шин Кен, раскроет тайны его формирования как личности и детали его отношений с окружающими. Имеет небольшие различия с оригинальным сериалом «Кулак Северной звезды»....

В здании телевидения Нитиури, в котором проходит Кубок Сацуки на соискание победителя в японском Хякунин Иссю, происходит взрыв. Инцидент приводит к большому волнению, и, хотя здание сгорает дотла, единственные люди, оставшиеся внутри, — это Хэйджи и Казуха. Но их спасает Конан, который вовремя успел на место происшествия. Личность и цели террориста неизвестны. В то время как из-за случившегося взрыва разгораются хаос и неразбериха, Конан сталкивается с загадочной незнакомкой, утверждающей, что...

Человечество практически уничтожено негуманоидной расой, названной Гауна. Оставшиеся в живых люди сбежали с родной Земли на кораблях-гигантах "Сидония". Изредка останавливаясь запастись ресурсами, корабли путешествуют по космосу в поисках нового дома. Однако, угроза нападения чужеродной расы все так же висит над выжившими и ученые разработали специальные средства борьбы с неприятелем, а военные освоили их. Нагатэ Таникадзэ провел свою жизнь на нижних уровнях одного из космических...

...

Человечество снова понесло потери. Харуо сомневается в следующем шаге. Маина и Миана выражают предостережение в отношении Метфиса, который, будучи поражённым чудесным выживанием Харуо, начинает привлекать последователей, проповедуя им о «конечной цели» происходящего. У человечества не осталось средств для победы над Годзиллой, а тем, кому удалось выжить, выпала судьба наблюдать, как на планету спускается крылатое существо, испускающее золотой свет, Король Гидора. Война переходит на новый...

Прибыв на Землю спустя 20 000 лет, Харуо вместе с остатками человечества обнаруживают, что планета стала совершенно другой. Флора и фауна здесь олицетворяют Годзиллу, а сама Земля спустя тысячелетия превратилась в планету-монстра, управляемую гигантской Годзиллой высотой 300 метров. Человечество оказывается на грани исчезновения и вынуждено бороться за своё выживание. Жаждущий победить Годзиллу и вернуть планету человечеству, Харуо встречает на Земле потомков коренных народов, племя Хутуа....