Прошёл целый год, и невероятные приключения уже знакомых нам персонажей – Ринтаро Окабэ, безумного учёного, и Курису Макисэ, спасённой им девушки, – продолжаются. Позади немыслимое количество временных линий, через которые Окабэ пришлось пройти, чтобы вернуть тот мир, в котором его друзья живы. Неужели что-то может пойти не так? Не так-то просто оказалось продолжать жизнь после всего этого безумия: Ринтаро Окабэ начинает страдать от навязчивых мыслей о том, что где-то на перекрёстке разных...

2050 год, на границах страны разворачивается война. Талантливый инженер Жак Ивейн создает серию автоматических роботов DZ для использования в быту. Серия настолько хороша, что проданы уже десятки тысяч экземпляров. Деррида Ивейн - сын гения, работает в той же корпорации программистом. Совместно со своим другом Натаном он находит баг в программном обеспечении, который может привести к фатальным последствиям. Сообщив руководителю корпорации Андрею о своих опасениях, молодые люди требуют отзыва...

Сорао Камикоси была студенткой, а кроме учебы увлекалась исследованием руин и неплохо ориентировалась в городских легендах. И именно ей удалось отыскать Потусторонье, в котором её ждала судьбоносная встреча. Торико Нисина казалась довольно легкомысленной, но при этом мастерски владела оружием. И на просторах Потусторонья завязалась дружба этих юных миленьких особ. Но правда начало было не лишено мрачноватых ноток, ведь Сорао едва не погибла в новом для неё местечке. И прежней жизнь студентки...

К 2046 году человечество освоило Марс и превратило его в огромный город. Но освоение космоса застопорилось, развился социальный и экономический кризис. Большинство людей начали винить в своих бедах биороидов, искусственных созданий из металла и биологического материала. Они были созданы по образу и подобию людей, приняв на себя основную часть работ по освоению Марса. Однако теперь человечество всё меньше и меньше доверяет им — всё чаще и чаще происходят убийства. В таких непростых условиях...

2046 год. Детектив Росс Силибас прибывает на Марс, и в аэропорту становится свидетелем убийства. Жертва - известная певица, и, как оказалось, биороид запрещенного третьего поколения. Теперь вместе со своей напарницей Наоми Армитаж ему предстоит выйти на след таинственного убийцы и раскрыть заговор, в котором замешаны высшие чины Марса....

Фильм представляет собой пересказ основных событий двух сезонов сериала — «Заражение WIXOSS» и «Распространение WIXOSS» — с добавлением нескольких новых сцен. Также «Разрушение» более подробно рассказывает о Руко Коминато, Улит и новом персонаже Сати Тогасаки....