История рассказывает о том, как группа из семи детей странным образом попадает в цифровой мир, где обитают удивительные существа - дигимоны. Очутившись на неведомом острове, дети подружились с чудными существами и вскоре узнали, что они избранные. В их задачу входит спасти Цифровой мир, а также и саму Землю, от злых существ, которые хотят их уничтожить. Вместе со своими дигимонами ребята путешествуют по Цифровому миру, истребляя зло и ища путь домой....

Прошло три года с тех пор, как «избранные» спасли цифровой мир от зла. Дети повзрослели, а то, что когда-то происходило, забылось. Теперь новому поколению «избранных» предстоит снова стать героями, ведь в мире дигимонов объявился новый враг — Император Дигимонов, который не только унижает дигимонов, но и использует их в своих тёмных умыслах. Для выполнения этой цели были выбраны три новых ребёнка — Дайсукэ Мотомия, Иори Хида и Мияко Иноуэ. Получив свои дигивайсы и собственных дигимонов, ребята...

Парадигм-Сити, зовущийся «беспамятным городом» — последний оплот цивилизации, сохранившийся после внезапной катастрофы, 40 лет назад стеревшей память всему человечеству. Освоившись с доставшимися им в наследство технологиями и восстановив часть забытых знаний, жители Парадигм-Сити пытаются наладить нормальную жизнь. Но в этом новом мире выражение «знание — сила» справедливо как никогда, и потому за информацией о прошлом идет постоянная охота, а оказавшись в нехороших руках, она приносит немало...