Спустя два года после событий, описанных в «Final Fantasy VII», мир только начинает восстанавливаться и прокладывать себе дорогу к новому будущему. Однако появились и новые угрозы: болезнь Геостигма и три загадочных человека, которые, по-видимому, разыскивают Дженову. Клауд и его друзья из оригинальной игры должны объединить свои силы еще раз, чтобы противостоять новой опасности....

Сюжет охватывает две временные ветки: одна рассказывает об инциденте в городке Нибельхайм с участием Зака, Клауда, Тифы и Сефирота; другая хронологически происходит после первой и рассказывает о побеге Зака и Клауда из научной лаборатории мегакорпорации «Shinra Inc.»....