После событий второго фильма Синдзи Икари пробуждается спустя 14 лет. Он не понимает, что происходит, но постепенно ему открывается пугающая истина. В результате Синдзи придётся снова сражаться с Ангелами вместе с неожиданными союзниками, преодолевая сопротивление бывших друзей. И снова судьба бросит его на передовую войны и заставит принимать решение за всё человечество. Что же он выберет в этот раз?...

Абсолютное многоцелевое гуманоидное оружие человечества и искусственный человек Евангелион стояли на страже государственной безопасности. Начинается подготовка к операции, в рамках которой происходит проверка координат судна. На борту стояла девушка, мечтавшая увидеть Город Цветов. А другие члены экипажа старательно трудились над вводимыми кодами в компьютеры, чтобы активировать «Систему Анти-Эл». Один из членов считал, что повторение с 4-го этапа точно сработает и все это благодаря стараний...

Не в столь отдалённом будущем обнаружена раса громадных насекомоподобных пришельцев, путешествующих по галактике. Пришельцы эти, кажется, захвачены идеей уничтожить человечество — с тех самых пор, как люди ступили за пределы Солнечной системы, — и всё ближе и ближе продвигаются к Земле. Человечество не дремлет и в скором порядке разрабатывает боевые космические корабли, а также гигантских боевых роботов. Роботы эти пилотируются лучшими, храбрейшими молодыми людьми с Земли, набор которых...

В 1889 году мир переживает техническую революцию. Но не всё идёт гладко — зловещий враг, известный как Гаргойл, одержимый идеей восстановления империи Атлантов, начинает приводить в жизнь планы по захвату мира. Надя, молодой изобретатель Жан и капитан Немо, путешествующий на подводной лодке Наутилус, начинают свою борьбу против Гаргойла и его Нео-Атлантиса....