Человечество практически уничтожено негуманоидной расой, названной Гауна. Оставшиеся в живых люди сбежали с родной Земли на кораблях-гигантах "Сидония". Изредка останавливаясь запастись ресурсами, корабли путешествуют по космосу в поисках нового дома. Однако, угроза нападения чужеродной расы все так же висит над выжившими и ученые разработали специальные средства борьбы с неприятелем, а военные освоили их. Нагатэ Таникадзэ провел свою жизнь на нижних уровнях одного из космических...

События развиваются в 19-ом столетии. Не слишком давно завершилась крупномасштабная кровопролитная война, сопровождаемая огромным количеством жертв и разрушений, и теперь мир постепенно возрождается вновь. Однако прежние бойцы, оставшиеся в живых после многочисленных сражений, не в состоянии найти себя в новых условиях существования, они не понимают, что им теперь следует делать и каким образом применить имеющиеся навыки и возможности. К тому же они являются не обыкновенными солдатами, а...

Человечество снова понесло потери. Харуо сомневается в следующем шаге. Маина и Миана выражают предостережение в отношении Метфиса, который, будучи поражённым чудесным выживанием Харуо, начинает привлекать последователей, проповедуя им о «конечной цели» происходящего. У человечества не осталось средств для победы над Годзиллой, а тем, кому удалось выжить, выпала судьба наблюдать, как на планету спускается крылатое существо, испускающее золотой свет, Король Гидора. Война переходит на новый...

Прибыв на Землю спустя 20 000 лет, Харуо вместе с остатками человечества обнаруживают, что планета стала совершенно другой. Флора и фауна здесь олицетворяют Годзиллу, а сама Земля спустя тысячелетия превратилась в планету-монстра, управляемую гигантской Годзиллой высотой 300 метров. Человечество оказывается на грани исчезновения и вынуждено бороться за своё выживание. Жаждущий победить Годзиллу и вернуть планету человечеству, Харуо встречает на Земле потомков коренных народов, племя Хутуа....