Прошло 2 года с того дня, как Мотоко Кусанаги ушла из 9-го отдела. Новым лидером стал Тогуса, расширив штат отдела до 20 оперативных работников. Обновленный состав сталкивается с серией странных случаев, которые выводят их на высококлассного хакера под ником «Кукольник». В разгар расследования Бато сталкивается с Мотоко. Уходя, она говорит лишь держаться подальше от Solid State Society — общества, обеспечивающее стабильность государства. Бато остается лишь гадать, может Мотоко и есть Кукольник?...

События фильма разворачиваются вокруг итальянского лётчика-аса Порко Россо. Он живёт на пустынном острове и зарабатывает на жизнь работой воздушного спасателя на своём малиновом биплане, попутно ведя борьбу с пиратами, наводнившими Адриатическое море. Когда-то давно Порко Россо был красивым и статным молодым человеком по имени Марко Паготт, но после уничтожения всей его эскадрильи и прихода к власти Муссолини, он таинственным образом превращается в свинью. И вот пираты, наконец-то решившие...

Кики — тринадцатилетняя девочка, живущая в деревне вместе с матерью-ведьмой, которая варит целебные зелья для местных жителей. У ведьм есть традиция: по достижении 13 лет ведьма должна улететь в город и прожить там один год. В начале истории Кики покидает дом матери и отправляется в путь со своим лучшим другом Дзи-Дзи, весьма говорливым чёрным котом. Кики прилетает в Корико, красивый город на берегу моря, и после череды неприятностей находит место для проживания и знакомится с местными...