История продолжается с момента, где закончился первый сезон. Просуществовав 260 лет, эпоха Эдо завершилась, и началась эпоха Мэйдзи. Численное превосходство и мощь огнестрельного оружия всё дальше оттесняют оставшихся в живых войнов Синсэнгуми, которые теперь направляются на помощь и защиту клана Айдзу. К тому же, проблема с Расэцу до сих пор ещё не решена....

...

Это печальная романтическая история отношений девушки Куруми и робота Хала. Молодой человек Хару, в которого была влюблена Куруми, погиб в авиакатастрофе. Андроид Хал со временем становится очень близок девушке и помогает ей преодолеть депрессию и тоску....

В комнате номер 401, которую занимает один из школьных кружков, начинают происходить странные вещи. Вдруг все пятеро членов кружка начинают случайно меняться телами друг с другом! И никто не угадает, кем он будет завтра — либо красавицей Иори, либо любителем реслинга Таити, либо весельчаком Ёсифуми, либо простой девушкой Химэко, или вообще странной фантазёркой Юи. Конечно, компания друзей и так валяла дурака в клубе, но не до такой же степени! Теперь им предстоит разобраться в причинах, пока...

Дополнительная часть истории Границы пустоты. Это история о предсказателях и предсказаниях. С раннего детства Сидзунэ Сэо видела будущее других людей, и её это всегда тяготило. Она раз за разом пыталась предупредить людей об опасности с помощью своего дара, но никто ей не верил до тех пор, пока она однажды не встретила странного парня по имени Микия Кокуто. В другом месте человек, называющий себя Курамицу Мерука, работал подрывником. Даже в самом безнадёжном положении ему всегда удавалось...

...

...

Нелёгкая миссия Шидо Ицуки и организации «Рататоск» далека от завершения. Духи продолжают появляться, а значит Шидо должен продолжать завоёвывать их сердца. Шидо встречает девушку, которая представляется как Ниа Хонджо, и узнаёт, что она является известным художником манги. Ниа также сообщает, что является духом и что её преследует Deus Ex Machina Industries (DEM). Ей интересен Шидо, но только как друг. Ниа утверждает, что её сердце целиком и полностью принадлежит 2D-миру. А это значит, что...

Самые знаменитые в мире влюблённые Ромео и Джульетта вынуждены были умереть, чтобы их чувства были признаны и одобрены их враждующими семьями. Менее известные, но не менее влюблённые Фудо Айкава и Дэсуми Магахара гибнуть вовсе не хотят. Они мечтают ходить на свидания, флиртовать, проводить как можно больше времени вместе и заниматься всякой романтической чепухой, как и любая другая нормальная парочка, строящая свои отношения. — Кто же им мешает, — спросите вы, — ведь они же не имеют никакой...

...