Пятеро детей после нападения врагов попадают на таинственный древний остров, населённый двумя типами дигимонов: звериным и человеческим. На нём так же, как и в остальном Цифровом мире, происходит война за права. Однако друзья, заметив, что один из дигимонов звериного типа и один человеческого типа — подружились, твёрдо решили покончить с междоусобицей, не дающей этим двум существам спокойно жить....

Фильм берёт своё начало после того, как Такато получает дигимона по имени Гилмон. Мальчик, собираясь на отдых в Окинаву, берёт с собой своего цифрового друга. Там, в Окинаве, они знакомятся с ещё одним укротителем — Минами. Пока друзья отдыхали на пляже, в Японии популярный компьютерный питомец превратился в вирус, заразивший большое количество компьютеров. Такато, выясняя причину такого внезапного заражения, постарается понять, почему другие дигимоны относятся к Гилмону враждебно и связан ли...

История начинается с того, как мальчик по имени Такуя получает на свой телефон загадочное сообщение. Прочитав его, паренёк отправляется на станцию, указанную в тексте. Прибыв на место, Такуя попадает в очень странное место, где полным-полно детей и поездов. Сев на один из них, мальчик, вместе с ещё четырьмя людьми, отправляется в Цифровой мир, который им предстоит спасти. По пути они должны будут найти духов, при помощи которых друзья смогут превращаться в легендарных дигимонов. Однако враги...