Сатоши и его друзья отправляются в Ларусс, где они встречают мальчика по имени Тоои, который после перенесённой четыре года назад психологической травмы боится покемонов. В это время полностью оправившийся после боя Деоксис атакует Хоэнн, установив барьер вокруг города и похищая людей. Покемон по имени Рейкваза, живущий в озоновом слое Земли, приходит, дабы одолеть его....

Деревня народа эмиси затеряна где-то в горах средневековой Японии. Однажды на эту деревню нападает Наго, гигантский вепрь, одержимый ненавистью, превратившей его в демона. Ради спасения деревни сыну вождя Аситаке приходится убить проклятое животное, но самого его в руку ранит зверь, и вместе с раной ему передаётся проклятие. И теперь, согласно традициям племени, он должен быть изгнан, дабы в изгнании найти путь к исцелению либо погибнуть. Путешествуя во внешнем мире, Аситака становится...