Действие фильма происходит на современном корабле военно-морских сил обороны Японии “Эгида”. На борту судна было найдено тело военнослужащего без левой руки. Поступила информация о том, что опасный шпион “X” проник на корабль, тем самым угрожая безопасности всей страны. Но диверсант еще не догадывается, что вероятность успеха его операции крайне мала, ведь за дело берется прославленный детектив Конан. Юный сыщик в силах распутать самый сложный заговор, спасти жизни дорогих ему людей и поймать...

Конан с друзьями идёт в новый Токийский аквариум. Там, под колесом обозрения, он замечает девушку с разноцветными глазами. Она не помнит ни своего имени, ни своего прошлого. Конан обещает помочь девушке и вернуть её воспоминания....

...