Действия происходят через 12 тысяч лет после событий первой оригинального «Аквариона». Новые пилоты, новый Акварион, да и сама история полноценна и может рассматриваться самостоятельно. Мир Акварии не такой, как наш. Враг вновь то и дело появляется из другого измерения, нанося урон и похищая людей. Амата Сора — обычный паренек с необычными качествами, которые с самого детства приносят ему одни проблемы, и мысленно он уже давно нарек себя бесполезным неудачником. С малых лет легенда об Акварионе...

Этот фильм разбит на две части и представляет из себя альтернативную историю первого сезона сериала с дополнительной аркой, в которой герои получают задание изучить цветы. Сюжет полнометражного фильма имеет несколько отличий от оригинальной TV-серии: Сириус гибнет в самом начале истории, детство Аполло проходит иначе, и большее внимание уделяется событиям 12000-летней давности, в частности, смерти Аполлониуса и сложной судьбе прошлой инкарнации Рейки...

...

В далёком будущем человечество вновь столкнулось с угрозой в лице Теневых Ангелов, таинственных существ, которые вернулись после 12000 лет отсутствия. Они нападают на города и похищают жителей, чтобы использовать их прану — жизненную энергию. Противостоять Ангелам могут только люди со специальными способностями, которые учатся пилотировать Векторы, три древних корабля, вместе составляющие человекоподобное оружие — Акварион. История разворачивается вокруг Аполло, подростка, которого считают...

Правительство ужесточило меры по несанкционированным мероприятиям, но концерты и битвы продолжаются! Помимо этого объявили, что скоро будут проведены всеобщие выборы среди участниц АКБ0048! Но на этом новости не заканчиваются, ведь вместе с Нагисой и девочками нам предстоит раскрыть множество тайн, окутывающих команду 00, узнать ещё больше о кирарах (музыкальных частичках света участниц), а также приподнять завесу над прошлым....

В начале 21 века Мировая война достигает своего апогея и выходит на новый уровень за счет новых технологий межпланетных космических путешествий. Окружающая среда настолько пострадала, что человечеству приходится покинуть Землю и осесть на других планетах. Так начинается нулевой отсчет Звездного календаря. Развлечения и песни стали жестко контролировать и в итоге на некоторых планетах запретили массовые мероприятия из-за их силы мотивации народом. Но группа поп-идолов ставит представления в этих...

Джуна была обычной старшеклассницей, вплоть до того дня, когда она умерла, попав в аварию на мотоцикле. Но там, в сумерках смерти, она увидела будущее бесплодной земли, уничтоженной Рааджа. Ей был предложен второй шанс в жизни, но с одним условием: она должна будет остановить их. Теперь она должна научиться отбрасывать ее разрушительные способности и взглянуть в лицо судьбе, как аватар времени — одно существо, которое может решить судьбу планеты....

Западная планета. Восточная планета. Когда-то давно они были связаны «Пульсом дракона». Теперь же некогда процветавшая цивилизация осталась в легендах и мечтах, а на землях двух планет идут бесконечные кровопролитные сражения, не приносящие особого перевеса какой-либо из сторон. Но ход войны может кардинально измениться после возвращения забытых сверхтехнологий — «священных сокровищ». О возможностях данных технологий известно только «еретику». Им оказывается девушка с Западной планеты по имени...

Жители планеты Эрдеш смотрят на Мунайс, шикарный лунный город, с благоговением, и попасть туда — мечта любого. Дан Джейди, живущий в Роллингтауне, городе на поверхности Эрдеша, втягивается в быстро набирающий популярность спорт — гранд-баскетбол, в котором участвуют гигантские роботы, внутри которых находятся игроки....

В 2031 году на Земле произошла глобальная катастрофа, из-за которой человечество оказалось на грани вымирания. «Кризис Шэнлода» – так назвали результат случившейся аварии, связанной с новым источником энергии, который должен был решить множество проблем на планете и сделать жизнь людей гораздо комфортнее. Однако с разработкой гениального ученого Леона Лау что-то пошло не так, и все обернулось подобным ящику Пандоры образом: из недр Земли вырвалась колоссальная неконтролируемая энергия. На пути...