Недалёкое будущее. Весь мир охватил смертельный вирус под названием Медуза, превращающий людей в камень. Для того, чтобы избежать ужасной смерти, группа инфицированных людей была погружена в криогенный сон в надежде, что в будущем найдётся способ борьбы с вирусом. Касуми Ишики, как и другие 160 "избранных", отправилась в Центр Гибернации, который находится внутри старинного замка. Хоть девушка и понимает, что это невозможно, Касуми засыпает с надеждой, что когда-нибудь снова...

После окончания Третьей Мировой Войны организация, известная как Главное Управление, занялась восстановлением разрушенного мира. Она создала экспериментальный город Олимп, населенный людьми, киборгами и новой расой генетически созданных существ — биороидами, созданными для того, чтобы служить человеку. Олимп должен был стать утопией, раем на земле, воплощением мечты об абсолютной свободе любой ценой... Однако некоторые жители города с этим не согласны....