Действия происходят осенью 2005 года, спустя год после событий Обитель Зла 4. В связи с неизвестной причиной, зомби появились в аэропорту США. Что приводит не к самым благим последствиям....

Прошло много лет после событий первого фильма. «9-й Отдел» по-прежнему выполняет свою работу. Киборгизированный полицейский Бато с партнером Тогусой после таинственного исчезновения "Майора" Мотоко Кусанаги назначаются расследовать серию убийств, совершенных прототипами гиноидов, самоуничтожающимися после этого. Но перед самоуничтожением один из таких гиноидов попросил Бато о помощи......

К 2046 году человечество освоило Марс и превратило его в огромный город. Но освоение космоса застопорилось, развился социальный и экономический кризис. Большинство людей начали винить в своих бедах биороидов, искусственных созданий из металла и биологического материала. Они были созданы по образу и подобию людей, приняв на себя основную часть работ по освоению Марса. Однако теперь человечество всё меньше и меньше доверяет им — всё чаще и чаще происходят убийства. В таких непростых условиях...

Спустя несколько лет после событий первой серии Наоми Армитаж и Росс Силибас живут размеренной семейной жизнью, воспитывая дочь Ёко. Для них это нелегко, так как многие люди против роботов, а точнее — данным им с человеком равных прав. Будучи занятой приготовлением торта по поводу дня рождения дочери, Наоми почувствовала предсмертные отгласы роботов, схожих с её моделью, что не могло её не заинтересовать. Отметив день рождения Ёко и дождавшись ночи, Армитаж отправляется на собственное...

Рю и Кэн близкие друзья и мастера боевых искусств. Для того, чтобы стать более искусными бойцами и освоить новые техники боя, они путешествуют по миру, как изучая новые боевые стили, так и встречая новых людей. В своём путешествии они окажутся втянуты в самую гущу заговора таинственной организации «Шадолу», ведомой тираном Вегой, стремящемуся к покорению мира. Дабы помешать этому, им придётся мобилизовать все свои изученные навыки, а также заручиться поддержкой верных друзей....