После победы в миссии Лекарство Вдохновления и восстановлении доброго сердца её отца, Ако и Мефисто решили вернуться в Большие Земли вместе. Внезапно сильный шум разнёсся по городу и, когда он утих, вся музыка бесследно исчезла. Ако и Мефисто пытались установить контакт с Большой Землёй, но не смогли получить ответа. Полные тревоги Хибики и другие девушки направились в Большие Земли, ранее переполненные музыкой. Мир опустел без звука. Люди, лишённые эмоций, как каменные, продолжали играть на...

...

Прошёл год спустя с «инцидента в Тачикаве» летом 2015-го. «Общество» — система, преобразующая души людей в физическую форму. Эта сила была дана Руи Ниномии инопланетянином Берг-Катце после того, как он вынул блокнот Руи. Эта система распространилась по миру. Премьер-министр Японии, Сэйтаро Сугаяма, поддержал это начинание, но не все согласны с его политикой — его самолёт атакует загадочная группировка, тем самым зародив начало нового конфликта....

События в этой истории происходят в Японии в начале лета 2015 года. 180 000 человек живут в городе Татикава, «втором мегаполисе» района Токио. В их числе «Gatchaman» — воины, которые сражаются в специальных костюмах, усиленных «NOTE», особой духовной силой живых существ. Только эти воины, хотя их сила до конца и не изучена, способны защитить Землю от инопланетных врагов. В последнее время они вынуждены сражаться с таинственной сущностью, известной как «MESS»....

Юки Санада — ученик старшей школы, которому трудно общаться с людьми. Каждый раз, когда Юки нервничает, он делает страшное лицо, отчего окружающие думают, что он злится. Ко всему прочему, он постоянно переезжает вместе со своей бабушкой. На этот раз Юки селится на острове Эносима. В школе он встречает странного новичка Хару, который называет себя пришельцем и заявляет: «Давай вместе спасать мир!» Эта задача оказывается непосредственно связана с рыбалкой, а потому ребята знакомятся с Нацуки...

Мисаки, 25-летняя девушка, которая скоро должна выйти замуж, случайно находит старую фотографию, сделанную на железнодорожной станции Токио, и старые сломанные карманные часы, принадлежавшие её ныне покойному отцу. Её отец работал на Токийской станции всю свою жизнь. В памяти Мисаки он остался очень строгим человеком, однако на найденной фотографии мужчина открыто улыбается, чего девушка не видела прежде. Решив отремонтировать сломанные часы, в своём путешествии она открывает, что магазинчик...