Прошёл год, к власти на Земле пришли люди, но даже так на ней не стало лучше жить. Знать, захватившая власть, продолжает унижать простых людей. Тэцуро Хосино не понравились данные порядки, он открыто выразил недовольство и угодил в тюрьму. За проступки ему грозит смертная казнь, но Галактический экспресс с Мэйтел на борту прибывает, чтобы спасти юношу. Тэцуро узнаёт, что виной всему, что происходит на Земле, является Владыка Тьмы. И ставит перед собой цель остановить его и спасти Землю во что...

...

...

Во время очередной остановки на спутнике планеты Хирайз, Мэйтел оказывается похищена. Тэцуро Хосино пытается спасти её, однако в итоге Галактический экспресс 999 терпит крушение на планете. На спасение им отправляют отряд Космических Охранных Сил, в котором состоит Манабу Юки. Теперь Тэцуро и Манабу предстоит не только спасти Мэйтел и пойманного во время крушения Проводника, но и разобраться, что скрывает эта планета и почему её убрали с галактической карты....

...

Однажды, когда все враги Земли были повержены, капитан Харлок оставил свою команду, отправившись бороздить просторы космоса в одиночестве. Но мир и спокойствие не продлились долго. Харлок встречает нового по-настоящему ужасного врага, с которым не сможет справиться в одиночку. На одной из археологических миссий профессор Дайба невольно пробуждает злую расу, называемую «ну», которая силой страха правила Вселенной ещё до рождения человечества. Спустя пять лет после миссии древнее зло набрало...

Прямое продолжение фильма «Аркадия моей юности». Война против империи Иллюмидус, порабощающей и уничтожающей все на своём пути обитаемые планеты, окончательно проиграна — Земля полностью перешла в подчинение инопланетных захватчиков. Харлок и все его соратники объявлены врагами человечества и изгнаны с Земли. Однако Иллюмидус на этом не остановились. Харлок, Тотиро и Эмеральда, под кодовыми номерами: S — 00999, S — 00998, X — 00001, объявлены в розыск. Пытаясь сражаться уже не только против...

Далёкое будущее. Земля и бо́льшая часть человечества порабощены воинственной империей Иллюмидус. Харлок — капитан «Призрачной смерти», космического крейсера, перевозящего беженцев, один из немногих оставшихся противников тирании инопланетных захватчиков — тоже терпит поражение. Подвергшись атаке оккупационных сил Иллюмидуса, он вынужден совершить посадку на одной из захваченных врагами баз Земли. На захваченной Иллюмидусом базе Харлок встречает Тотиро Ояму, который показывает ему великолепный...

В 2199 году инопланетная раса из Империи Гамилус во главе с Лордом Деслером нападает на Землю, чтобы завоевать её. Поскольку их родной атмосферой является радиация, то они обстреливают радиоактивными астероидами поверхность планеты, делая в итоге жизнь на её поверхности непригодной для людей, из-за чего человечество вынуждено уйти под землю. Однако радиация оказывает своё разрушительное влияние даже на подземные города. Тем временем на Марсе терпит крушение космический корабль другой...

...