История рассказывает об энергичной старшекласснице по имени Марика Като. Свободное от учёбы время она проводит в космическом яхт-клубе и в высококлассном ретро-кафе, подрабатывая там на полставки. Однажды к ней неожиданно приходят двое людей, утверждая, что они подчинённые её погибшего отца. И они требуют, чтобы она приняла командование над пиратским космическим кораблём «Бэнтэммару». Кодекс корабля был составлен во время войны за независимость сто лет назад, и согласно этому кодексу...

За 20 лет до начала истории астероид, направлявшийся на Землю, разрушает Плутон. Позднее этот астероид назовут Танатос. Из-за столкновения с Плутоном астероид был приостановлен. Так или иначе, чтобы избежать разрушения Земли, организация МАИСС (Международное Агентство Изучения Солнечной Системы) работает над проектом «Д» и, после нахождения яйца дракона в глубинах океана, создаёт Драгонавт. Основная цель этого оружия состоит в том, чтобы разрушить Танатос. Однако и пилоты, и ученые скоро...