События в городе Аламос принесли за собой ряд глобальных изменений в атмосфере. Завеса измерений стала хрупка, что позволило легендарному покемону Гиратине покинуть пределы своего измерения и вступить в бой с Диалгой. По какой-то причине под раздачу попал и маленький покемон Шеймин. Убегая от гнева Гиратины, она прибивается к месту пикника Сатоши, Хикари и Такэши. Юные путешественники решают отнести ослабевшую Шеймин в центр покемонов, и тут начинается их новое приключение!...

Чимчар мечтает стать частью гильдии Виглитаффа, поэтому приходит на его базу, где собираются команды исследователей. Но, испугавшись системы безопасности на базе, убегает и натыкается на Пиплапа, который лежит без сознания. Придя в себя, Пиплап не может понять, что происходит и как он оказался в теле покемона, ведь он на самом деле человек. Чимчар предлагает обратиться за помощью к Виглитаффу из гильдии. Однако и тот не может объяснить, как такое произошло, и убеждает Чимчара и Пиплапа...

Путешествуя по региону Синно, Сатоши и его друзья посещают прекрасный город Аламос, который славится уникальной достопримечательностью — двумя Башнями пространства и времени, построенными архитектором Годи. Башни необычны тем, что скрывают в себе механизм для исполнения оркестровой музыки. Однако друзьям не удаётся насладиться красотами старинных строений, потому что на город нападает зловещий покемон Даркрай!...

...

...

Команда Сатоши продолжает своё путешествие по региону Хоэнн, и в пути они встречает семью Хироми. Они артисты, которые устраивают представления с водными покемонами. Также герои знакомятся с покемон-рейнджером Джеком и узнают о его миссии. За ними по пятам гонится пират Фантом. Что же ему нужно? Сатоши и его друзьям придётся слегка намокнуть ради того, чтобы узнать истину, скрытую в глубинах царства водных покемонов!...

...

Сатоши вместе с друзьями прибывает в королевство Камарон, чтобы поучаствовать в турнире. Юный тренер покемонов выходит победителем, а в награду получает посох сэра Аарона, который по легенде спас королевство от нападения несколько сотен лет назад. Посох оказывается местом заточения легендарного покемона Лукарио, который вдруг вырывается из него и утверждает, что сэр Аарон никакой не герой, а предатель, бросивший его и королевство на произвол судьбы. Тем временем Пикачу, маленький друг Сатоши,...

...

Сатоши и его друзья отправляются в Ларусс, где они встречают мальчика по имени Тоои, который после перенесённой четыре года назад психологической травмы боится покемонов. В это время полностью оправившийся после боя Деоксис атакует Хоэнн, установив барьер вокруг города и похищая людей. Покемон по имени Рейкваза, живущий в озоновом слое Земли, приходит, дабы одолеть его....