Прошёл целый год, и невероятные приключения уже знакомых нам персонажей – Ринтаро Окабэ, безумного учёного, и Курису Макисэ, спасённой им девушки, – продолжаются. Позади немыслимое количество временных линий, через которые Окабэ пришлось пройти, чтобы вернуть тот мир, в котором его друзья живы. Неужели что-то может пойти не так? Не так-то просто оказалось продолжать жизнь после всего этого безумия: Ринтаро Окабэ начинает страдать от навязчивых мыслей о том, что где-то на перекрёстке разных...

Не так давно Ринтаро Окабэ поступил в университет и собрал свою небольшую команду. Он верил, что вместе они совершат важные открытия, которые перевернут представление о мире. Компания собралась довольно разношёрстная. Сам Окабэ, считающий себя великим учёным постоянно думает, что за ним и его компанией следят секретные организации. Невзрачный парень Итару является компьютерным гением. Юноша закрыт в себе и не любит общаться с людьми, но без проблем разберётся с любой сложной программой. А также...