С давних времён между империей Нифльхейм и королевством Люцис идёт война. Войска Нифльхейма теснят армию Люциса, несмотря на все старания бойцов элитного подразделения «Кингсглейв», служащих лично правителю Люциса королю Регису и получающих особые силы благодаря древней магии королевского рода. В конце концов от некогда великого королевства остаётся только один город, закрытый магическим щитом, поддерживаемый королём Регисом. В попытках спасти хотя бы этот город король Регис собирается...

События разворачиваются в недалеком будущем. После падения на Землю метеорита, на планете стали происходить странные смерти. Вскоре выясняется, что виной всему принесенные метеоритом то ли призраки, то ли души существ, названных «Фантомами». Их родная планета была уничтожена, и, блуждая, ее осколок попал на Землю. Люди, которых касаются Фантомы, погибают. Но на Земле еще есть города и поселения, окруженные энергетическими барьерами, которые способны противостоять фантомам — здесь люди борются...

Спустя два года после событий, описанных в «Final Fantasy VII», мир только начинает восстанавливаться и прокладывать себе дорогу к новому будущему. Однако появились и новые угрозы: болезнь Геостигма и три загадочных человека, которые, по-видимому, разыскивают Дженову. Клауд и его друзья из оригинальной игры должны объединить свои силы еще раз, чтобы противостоять новой опасности....