Почти на всех планетах во вселенной, в том числе и на Земле, люди устали быть под гнётом Механизированной империи и устроили восстание. Тэцуро Хосино уже несколько лет участвует в неутихающей войне на Земле. Люди проигрывают, а Тэцуро находится в отчаянии, но вдруг видит, как на Землю прибывает Галактический экспресс 999, а через некоторое время ему в руки попадает сообщение от Мэйтел с просьбой вернуться на 999-й. С боем он кое-как прорывается на станцию и отбывает на поезде в своё новое...

Прямое продолжение фильма «Аркадия моей юности». Война против империи Иллюмидус, порабощающей и уничтожающей все на своём пути обитаемые планеты, окончательно проиграна — Земля полностью перешла в подчинение инопланетных захватчиков. Харлок и все его соратники объявлены врагами человечества и изгнаны с Земли. Однако Иллюмидус на этом не остановились. Харлок, Тотиро и Эмеральда, под кодовыми номерами: S — 00999, S — 00998, X — 00001, объявлены в розыск. Пытаясь сражаться уже не только против...