Десять лет назад родители Наруто спасли деревню Коноху от разрушения демоном Девятихвостым Лисом. Они запечатали демона в своём новорождённом ребёнке, но цена за это была высока — погибло множество воинов, в том числе лидер деревни Минато Намиказэ и его жена Кушина Узумаки. Прошло много лет. Наруто вырос и пережил множество приключений, сумев справиться с демоном внутри него. Но в один день группа ниндзя, известных как Акацуки, нападает на Коноху. И никто не может понять, почему среди Акацуки...

В ходе турнира на звание тюнина Наруто сталкивается в бою со своим давним учеником Конохамару....

Наруто, Шикамару и Сакура выполняют миссию по поимке потерянного домашнего животного и доставки его в определённую деревню. Но во время миссии на команду нападают неизвестные ниндзя под командованием таинственного Тэмуджина. Во время битвы Наруто отделяется от остальной команды, и теперь вынужден искать их. В этих поисках он узнаёт о странной силе, не имеющей ничего общего с чакрой, и о могущественной исчезнувшей цивилизации. После того, как друзья встречаются вновь, им приходится начать борьбу...

Команда №7 получает задание найти пропавшего человека, который, как считают в деревне, был захвачен в плен одной из банд. Однако во время выполнения миссии выясняется, что истинная цель бандитов связана с одним из членов команды — Саскэ....